Dalam upaya ikut berperan serta membangun dan memajukan bangsa Indonesia terutama dalam bidang kesehatan, maka yayasan Ngudi Waluyo terdorong untuk menyelenggarakan pendidikan tenaga kesehatan. Berdasar SK Menkes No.H.K.00.06.1.1.2298 tanggal 1 Juni 1994 Yayasan Ngudi Waluyo diperkenankan menyelenggarakan Akademi Keperawatan yang lebih dikenal dengan nama AKPER Ngudi Waluyo Ungaran, dengan peserta didik 40 Mahasiswa.
Pada awalnya proses belajar-mengajar masih menggunakan gedung milik IKIP Negeri Semarang di Suwakul Ungaran Jawa Tengah. Kemudian pada tahun 1996 proses belajar-mengajar telah menempati lokasi serta gedung baru yang merupakan milik sendiri, berlokasi di Jl. Gedongsongo, Mijen Telp. (024) 6925406, 6925407, 6925408 Ungaran – Jawa Tengah, dengan luas + 12000 m2. Lokasi baru tersebut telah pula dilengkapi beberapa fasilitas untuk menunjang proses belajar-mengajar itu sendiri.
Disamping itu dengan semakin lengkapnya fasilitas dan kualitas pendidikannya, maka pada tahun 1998 Akademi Keperawatan Ngudi Waluyo mendapatkan predikat Akreditasi “B” berdasar SK Menkes No.00.06.4.3.4843 tanggal 8 September 1998. Dan dalam perkembangannya terpaut selama 3 tahun, pada tahun 2001 akademi ini mendapatkan kepercayaan dari Pusdiknakes Depkes RI (Pusat Pendidikan Tenaga Kesehatan RI) untuk menyandang predikat Akreditasi “A” berdasar SK Pusdiknakes Depkes RI. No.HK.00.06.2.4.01577.
Dengan keyakinan dan bermodalkan prestasi yang telah dicapai dalam penyelenggaraan pendidikan tenaga kesehatan, serta dalam upayanya ikut berperan aktif mengembangkan dunia pendidikan yang disesuaikan untuk kepentingan nasional terutama dalam bidang tenaga kesehatan, maka berdasar SK Mendiknas No. 39/d/0/2001 yayasan Ngudi Waluyo menyeleng-garakan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Ngudi Waluyo dengan 2 (dua) Program Studi yaitu Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat dan Program Studi Ilmu Keperawatan. Dengan SK Departemen Pendidikan Nasional Dirjen Dikti No. 1956/D/T/2002 tanggal 16 September 2002, maka STIKES Ngudi Waluyo mulai tahun ajaran 2002 membuka satu lagi program studi yaitu Program Studi Kebidanan Jenjang Program Diploma IV (D-IV) Bidan Pendidik.
Pada tahun 2004 STIKES Ngudi waluyo menambah program studi baru Diploma III Kebidanan berdasarkan SK Departemen Pendidikan Nasional Dirjen Dikti No. 3850/D/T/2004. Satu tahun kemudian tepatnya tahun 2005 STIKES Ngudi Waluyo menambah 2 program studi baru lagi yaitu program studi ilmu Gizi dan Farmasi jenjang pendidikan Strata Satu ( S-1) berdasarkan SK Departemen Pendidikan Nasional Dirjen Dikti No. 1361/D/T/2005.

Pada tahun 2016, untuk memenuhi kebutuhan tenaga pendidikan dan meningkatkan layanan pendidikannya di masyarkat, yayasan Ngudi Waluyo mengajukan permohonan untuk meningkatkan bentuk layanannya dari Akper, Akbid dan Stikes menjadi universitas.  Berdasarkan SK Kemenristekdikti NOMOR 262 / KPT / I /2016 maka Akper, Akbid dan Stikes bergabung menjadi satu menjadi Universitas Ngudi Waluyo.  Sebagai sebuah universitas, maka selain bidang-kesehatan, turut dibuka Fakultas Hukum, Fakultas Ilmu Budaya, Fakultas Ilmu Pendidikan dan Fakultas Komputer

Secara keseluruhan, fakultas dan program studi yang ada di Universitas Ngudi Waluyo adalah sebagai berikut:

  1. Fakultas Keperawatan:
    • Prodi S1 Keperawatan
    • Prodi D3 Keperawatan
    • Profesi Ners
  2. Fakultas Kesehatan:
    • Prodi S1 Kesehatan Masyarakat
    • Prodi S1 Farmasi
    • Prodi S1 Gizi
    • Prodi D4 Kebidanan
    • Prodi D3 Kebidanan
  3. Fakultas Hukum:
    • Prodi S1 Hukum
  4. Fakultas Ilmu Budaya:
    • Prodi S1 Sastra Inggris
    • Prodi S1 Sastra Jepang
  5. Fakultas Ilmu Pendidikan :
    • Prodi S1 PG PAUD
    • Prodi S1 PG SD
  6. Fakultas Ilmu Komputer :
    • Prodi S1 Teknik Informatika

Prestasi yang Pernah Diraih:

Peringkat 1 (AKPER) Perangkingan PT Kesehatan SeJawa Tengah dan Peringkat 183 (AKPER) dari 2280 PT Perangkingan PT SeIndonesia